首先两种设备采用的激光器光源不同，PCB激光切割机通常采用的是紫外激光器或绿光激光器;而金属激光切割机通常采用的是光纤激光器或CO2激光器;两种设备的工作性质有较大的差异，在使用功率上也有很大的差异，PCB激光切割机使用的功率一般不会超过30W(紫外激光器)，而金属激光切割机根据材料的厚度可达到10KW以上(光纤激光器)。

另一部分需要区分的是，在PCB行业中有一部分是铝基板或者是陶瓷基板采用的是脉冲光纤激光器;而某些厂家也会采用低功率的CO2激光器去加工PCB线路板，通常是100W以下激光器。其次PCB激光切割机采用的是紫外激光器，能够兼容切割0.2mm以下的超薄金属材料;而大功率光纤或者CO2则不能对超薄金属材料切割，容易出现毛刺、发黑、变形的状况。

第二，切割性质上的差异。PCB激光切割机是采用振镜扫描的方式，通过来回多次扫描，一层一层去除形成切割;而金属激光切割机是采用准直聚焦系统配备同轴辅助气体，一次性对材料形成穿透切割。

第三，结构差异。金属激光切割机通常采用大的龙门式机床，采用伺服电机;而PCB激光切割机则是采用大理石稳定平台，采用直线电机，并标配的有CCD相机视觉，相对的位置切割精度、切割尺寸精度、定位精度都要优异于金属激光切割机，两者是不同类型的产品。